1858年1月，清军乘太平天国内讧之后又恢复江北、江南大营，再次围困天京的时候，石达开早已经在“自立为王”的道路上前进了，因此，天王洪秀全即使向石达开下达了要求他回师救援天京的命令，石达开也不可能再去执行了。4月，洪仁玕捻转到达天京，被封为干王。
1858年，捻军主力回到淮北，一面以圩寨战抗击清军进攻，一面以快速的流动作战方式出击豫、鲁、苏，歼灭大量清军，并与太平军配合进行了多次重要作战。
4月12日，太平军石镇吉部由宪天燕，及军政司程某率领占领泳康，顽抗者惟有谢副爷（谢兰生）、徐翊仁等数人。占领后将10个乡分立5军帅、25师帅和125旅帅管理。黄溪滩应法洁率众投奔太平军，部众发展到2000多人。六月初七晨，民团会剿黄溪滩，应法洁父子百余人被杀。接着又聚游仙、义和、太平数乡民团数万人合围县城。太平军作战术退却，在民团合围前稍然撤离，六月初八泳康复为清总兵周天培占领。
5月下旬张乐行率兵北上，经正阳关、峡石口，占领怀远、临淮和凤阳府县两城，控制淮河南北的交通，断绝清淮北盐运。11月与庐州太平军南下，配合陈玉成、李秀成指挥的三河之役，大败湘军。次年夏，派龚得树领兵渡淮河，联合太平天国庐州守军吴如孝部攻克怀远，自此两军占领地区联为一片。11月南退定远。
1858年，咸丰八年六月，孙葵心北上攻打怀远、定远，扫荡江淮清兵，屡建战功。后受清军和苗沛霖包围，突围后与张乐行发生分歧，回淮北自成一军，与黑旗主刘玉渊联合作战。九月，孙葵心与刘玉渊、刘天福等人率部入山东，破曹县、武城。
1858年8月，捻军首领侯士伟为借款及一头毛驴走失之事，与堂兄侯士忠矛盾激化，加之早有前仇，侯士伟决计报复。张敏行（张乐行胞兄）部下张正江是黄旗旗主，与张敏行父子、侯士伟关系密切。一日，张敏行儿子张瑨威逼张正江侍从张老二，以张正江名义，邀侯士伟至张正江部驻地张寨议事。侯士伟深信不疑，率几名随从至张寨。随从立被张瑨部诱禁门外。侯士伟见事有异，逃至二门过道，被侯士忠之子侯布标一枪刺死。不久，侯士伟之子侯山也被杀于瓜地。张、侯两家的仇杀，使红旗内部严重不和，遂分裂成两部分，倾向侯士伟的将士投在黄旗旗主张正江部，另一部分由侯布标率领并入张敏行部。侯士伟事件，使张乐行本部亲军的战斗力大为削弱，以致后来不能单独御敌，而被清军击破。
1858年9月，捻军首龚德树南下与庐州太平军吴如孝部夺取藕塘镇，围攻定远。陈玉成、李秀成率军攻占浦口和扬州，大破清军江北大营。清军乘太平军东下，攻安徽、据太湖、扑安庆，李续宾率湘军连陷潜山、桐城、舒城，攻三河镇，进逼庐州（合肥）。陈玉成率兵救援，李秀成援军继进。11月14日，陈玉成部攻克三河清营，次日两军决战。太平军歼清军六千人，击毙李续宾（一说自缢）、曾国华。清军从安庆外围撤走。
12月，苏天福率部深人鲁西南作战，不久南下。
太平军从1858年开始，先后在浦口战役、三河大捷、两破江南大营、挺进苏浙等一系列战役中取得胜利，扭转了军事上的危局。政治上颁布了《资政新篇》，经济、外交、文化等各个方面也进行了列改革，改变了被动局面。天王洪秀全再设五军主将，李秀成被封为后军主将。
1859年3月，孙葵心、刘天福等转战于豫南郾城、舞阳，于北舞渡大败清军，击毙南阳镇总兵邱联恩和山西参将福瑞。7月17日，龚德树攻克定远。
1859年洪秀全封李秀成为忠王。春天，石达开入湖南，发动“宝庆会战”，欲取上游之势，再下趋湖北，配合安徽太平军作战，并伺机分兵入川。彼时湘军正计划分兵三路进攻安庆，闻石达开长驱直入湖南腹地，军心全线动摇，只得将因势利导，全力援湘。面对湘军的重兵驰援，石达开孤军作战，未能攻克宝庆，被迫退入广西休整。
1858年，捻军主力回到淮北，一面以圩寨战抗击清军进攻，一面以快速的流动作战方式出击豫、鲁、苏，歼灭大量清军，并与太平军配合进行了多次重要作战。
4月12日，太平军石镇吉部由宪天燕，及军政司程某率领占领泳康，顽抗者惟有谢副爷（谢兰生）、徐翊仁等数人。占领后将10个乡分立5军帅、25师帅和125旅帅管理。黄溪滩应法洁率众投奔太平军，部众发展到2000多人。六月初七晨，民团会剿黄溪滩，应法洁父子百余人被杀。接着又聚游仙、义和、太平数乡民团数万人合围县城。太平军作战术退却，在民团合围前稍然撤离，六月初八泳康复为清总兵周天培占领。
5月下旬张乐行率兵北上，经正阳关、峡石口，占领怀远、临淮和凤阳府县两城，控制淮河南北的交通，断绝清淮北盐运。11月与庐州太平军南下，配合陈玉成、李秀成指挥的三河之役，大败湘军。次年夏，派龚得树领兵渡淮河，联合太平天国庐州守军吴如孝部攻克怀远，自此两军占领地区联为一片。11月南退定远。
1858年，咸丰八年六月，孙葵心北上攻打怀远、定远，扫荡江淮清兵，屡建战功。后受清军和苗沛霖包围，突围后与张乐行发生分歧，回淮北自成一军，与黑旗主刘玉渊联合作战。九月，孙葵心与刘玉渊、刘天福等人率部入山东，破曹县、武城。
1858年8月，捻军首领侯士伟为借款及一头毛驴走失之事，与堂兄侯士忠矛盾激化，加之早有前仇，侯士伟决计报复。张敏行（张乐行胞兄）部下张正江是黄旗旗主，与张敏行父子、侯士伟关系密切。一日，张敏行儿子张瑨威逼张正江侍从张老二，以张正江名义，邀侯士伟至张正江部驻地张寨议事。侯士伟深信不疑，率几名随从至张寨。随从立被张瑨部诱禁门外。侯士伟见事有异，逃至二门过道，被侯士忠之子侯布标一枪刺死。不久，侯士伟之子侯山也被杀于瓜地。张、侯两家的仇杀，使红旗内部严重不和，遂分裂成两部分，倾向侯士伟的将士投在黄旗旗主张正江部，另一部分由侯布标率领并入张敏行部。侯士伟事件，使张乐行本部亲军的战斗力大为削弱，以致后来不能单独御敌，而被清军击破。
1858年9月，捻军首龚德树南下与庐州太平军吴如孝部夺取藕塘镇，围攻定远。陈玉成、李秀成率军攻占浦口和扬州，大破清军江北大营。清军乘太平军东下，攻安徽、据太湖、扑安庆，李续宾率湘军连陷潜山、桐城、舒城，攻三河镇，进逼庐州（合肥）。陈玉成率兵救援，李秀成援军继进。11月14日，陈玉成部攻克三河清营，次日两军决战。太平军歼清军六千人，击毙李续宾（一说自缢）、曾国华。清军从安庆外围撤走。
12月，苏天福率部深人鲁西南作战，不久南下。
太平军从1858年开始，先后在浦口战役、三河大捷、两破江南大营、挺进苏浙等一系列战役中取得胜利，扭转了军事上的危局。政治上颁布了《资政新篇》，经济、外交、文化等各个方面也进行了列改革，改变了被动局面。天王洪秀全再设五军主将，李秀成被封为后军主将。
1859年3月，孙葵心、刘天福等转战于豫南郾城、舞阳，于北舞渡大败清军，击毙南阳镇总兵邱联恩和山西参将福瑞。7月17日，龚德树攻克定远。
1859年洪秀全封李秀成为忠王。春天，石达开入湖南，发动“宝庆会战”，欲取上游之势，再下趋湖北，配合安徽太平军作战，并伺机分兵入川。彼时湘军正计划分兵三路进攻安庆，闻石达开长驱直入湖南腹地，军心全线动摇，只得将因势利导，全力援湘。面对湘军的重兵驰援，石达开孤军作战，未能攻克宝庆，被迫退入广西休整。